La primera cita documental de la localidad data del año 1062, al incluirse el topónimo “Coscorrita” en una Real Cédula emitida por el monarca Sancho de Navarra en provecho del noble García Garcei: los bienes cedidos eran las casas realengas de Zarratón.
En 1086 se menciona a un cautivo natural de Cuzcurrita –Servando- en el relato de un milagro de Santo Domingo de Silos. El Fuero de Miranda de Ebro relacionaba, también a finales del siglo XI, la existencia de “Quosquorrita”.
El 15 de noviembre en 1367, el monarca Enrique II de Trastamara recompensaba al Alcalde Mayor de los Hijosdalgo de Castilla, don Juan Martínez de Rojas –a la sazón Señor de Cabia, Monzón y Valdespina- entregándole el señorío de Cuzcurrita, con todos sus territorios y derechos.
 En el siglo XVI, reinado Felipe II, el IX Señor de Cuzcurrita, Pedro Velasco, fundó mayorazgo al casarse con Marta de Rojas y Osorio, haciendo esculpir sus armas a la entrada del castillo. La fortaleza –que había sido edificada por los Suárez de Figueroa a caballo de los siglos XIV y XV- perteneció hasta el siglo pasado a los descendientes de los Velasco-Rojas, transmitiéndose después a sucesivos compradores hasta que, tras adquirirlo en el año 1947, procedieron sus propietarios a restaurarlo, acondicionándolo como nueva residencia.
Quedan en la villa huellas abundantes de su origen medieval, conservando por ejemplo el Rollo, columna que, situada en las afueras de un pueblo, simbolizaba que la zona tenia carácter de señorío. Otra función, menos simbólica, era la de servir para sujetar a los delincuentes comunes a la hora de aplicarles los azotes correspondientes o para exponer –en su extremo superior, llamado picota- las cabezas de los ajusticiados.
 Cuzcurrita formó parte de la provincia de Burgos hasta la creación de la de Logroño por Real Decreto de 30 de noviembre en 1833.
Son hijos notables de la localidad el mencionado Juan Martínez de Rojas, quien, si bien no nació en Cuzcurrita, inició su Señorío y ejerció tal derecho antes de morir en 1384 en el cerco de Lisboa tras haber servido con lealtad a Enrique II y Juan I de Castilla; y Germán Salcedo, primer marqués de Fuerte-Hijar, llevado preso a Francia en 1808 por su apoyo a los intereses nacionalistas.
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