Los comienzos históricos de Sajazarra se remontan al s. XI, aunque han aparecido diversas piezas de la Edad de Bronce, algún resto arqueológico romano y también cerámica de la época visigoda.

El fuero de Miranda de 1099 recoge la primera mención a la villa, a la que denomina "Saja". En 1146 aparece ya como "Sajazarra" en el Fuero de Cerezo, concedido por Alfonso VII. Unos años después, en 1169 el rey Alfonso VIII hace la donación de Sajazarra al monasterio de Valdefuentes.

En el Siglo XII se instala una comunidad de la orden del cister de cuya abadía queda la nave central de la actual iglesia.
Entre los siglos XII y XIII la villa se fortificó con una muralla. En el interior del pueblo la urbanización es cuadriculada teniendo seis calles de forma alargada orientadas de este a oeste, cortadas por cuatro trasversales, además de conservar parte de la antigua muralla que lo rodeaba, lo que parece indicarque fue construida con fines militares.

En cuanto al conjunto de edificios, hay alguna casa solariega, el resto son populares adosadas, habiendo algunos patios y corrales, casi todo ello construido con piedra de sillería y bien conservadas. Individualmente hay que resaltar la parte norte, donde se encuentra el castillo del siglo XV perfectamente conservado, el único paño que queda en pie de la muralla, en el que destaca el arco apuntado (antigua puerta) y el garitón. La Villa y el castillo pertenecieron a los Condes de Nieva.

Es hijo ilustre de esta población Juan Martínez, un alfareño apresado en el castillo de Sajazarra y prodigiosamente liberado por la intercesión de la Virgen de Vico, y que, poco después, en 1467 intervino heroicamente en la defensa de Calahorra.