Con el nombre de Monasterio de Santa María de Faro ya es mencionada en el año 1184. En 1199 fue donado por Inocencio III al Monasterio de San Millán, y el 24 de diciembre de 1388, Álvaro López de Puelles fundó la capellanía por la que debía darse misa cantada en el altar mayor. Con el paso del tiempo han existido varios edificios en el mismo lugar y ha sufrido diferentes reformas.

Es un edificio del siglo XVII en cuya construcción se pueden diferenciar dos épocas. La primera de ellas finalizó en 1691 y en ella se realizó la parte que media de los púlpitos a la casa adosada para residencia del capellán. La segunda época empieza en 1703 y finaliza en 1756.

La Basílica está construida en su mayor parte en piedra de sillería, aunque también cuenta con mampostería y ladrillo. Se estructura en tres naves de igual altura con cinco tramos, crucero y cabecera rectangular de menor altura que las naves. En la cabecera tiene pilastras pareadas que soportan arcos de medio punto, la nave central está cubierta con bóvedas de arista y toda ella culmina en una bóveda semicircular sobre linterna con ocho ventanas. También en el interior posee una galería sobre mensulón de piedra con barandilla de hierro. El Retablo Mayor es obra barroca y cuenta con una talla policromada de la Virgen de la Vega, gótica, de mitad del s. XIV.
La portada de la espadaña se construyó sobre otra portada anterior. Se accede a la Basílica a través de un arco de medio punto sobre pilastras adosadas almohadilladas. En la parte central de la portada hay una hornacina con frontón semicircular que protege una imagen moderna de la Inmaculada flanqueada por San Pedro y San Pablo.

Posee espadaña para las campanas, con tres vanos de arcos de medio punto, culminada con esferas, estípites, frontón semicircular y enmarcada por pilastras. Cuenta con otra entrada en el lateral del edificio, con portada Neoclásica realizada en arco de medio punto sobre pilastras pareadas. La parte dónde se ubica el altar cuenta en el exterior con cuatro ojos de buey y una pequeña espadaña. En su trasera se encuentra ubicado el Museo de la Virgen de la Vega.