No se puede decir con exactitud cuál es el origen de la cofradía de la Santa Vera Cruz. San Vicente de la Sonsierra ha mantenido esta costumbre a lo largo de estos siglos, siendo la última y única manifestación del rito penitencial, mediante flagelación, que queda en España donde, hasta el siglo XVIII, era práctica relativamente frecuente en pueblos y ciudades.

Quien decide disciplinarse, se dirige a la sede de la Cofradía situada en la ermita de San Juan de la Cerca y lo manifiesta a alguno de los hermanos cofrades. Si reúne las condiciones sube al reservado de la Cofradía cuando el acompañante se lo indique. Allí se vestirá con el hábito blanco del disciplinante: túnica blanca hasta la rodilla con apertura posterior en forma de T, cíngulo blanco atado a la cintura, capucha de igual material, para ocultar la identidad de la persona, disciplina o madeja de algodón hecha por la cofradía y capa parda con una cruz blanca en la espalda.

Ya vestido con el hábito, acudirá a la procesión o a la Hora Santa, se arrodillará ante el paso al que haya hecho la ofrenda (generalmente ante «la Dolorosa» o ante el «Monumento» en la iglesia), rezará una oración y, al ponerse en pie, el acompañante le retirará la capa de los hombros y le abrirá la abertura de la espalda. El disciplinante cogerá la madeja por la empuñadura con las dos manos y, balanceándola entre las piernas, se golpeará la espalda por encima del hombro alternativamente, a izquierda y derecha, durante un tiempo variable según cada disciplinante, pero que suele ser unos 20 minutos y entre 800 y 1.000 golpes, hasta que el acompañante y el práctico decidan cuando es el momento de ser pinchado.

Llegado este momento, se inclinará y colocará la cabeza entre las piernas del práctico, que le golpeará levemente tres veces cada lado de la espalda, en la zona lumbar, para que brote un poquito de sangre, que evite molestias posteriores, pero nunca para mortificar más o aumentar el sufrimiento. Después se golpeará 15 ó 20 veces más.

El utensilio que tradicionalmente se utiliza para «picar» se denomina «esponja» y consiste en una bola de cera virgen con 6 cristales incrustados de dos en dos, de manera que cada disciplinante recibirá 12 pinchazos.

Finalizada la penitencia, disciplinante y acompañante vuelven a la cofradía donde el practicante le lava y cura las pequeñas heridas con agua de romero.